Гуаякиль - военно-морская база и главный порт Эквадора. Порт Гуаякиль расположен на берегу реки Гуаяс, в 50 км от впадения её в залива Гуаякиль. Военно-морская база обеспечивает базирование кораблей национальных ВМС до фрегатов включительно. Основные сооружения порта Гуаякиль находятся на правом берегу реки и в бухте Эстеро-Саладо. Оба участка соединены 7-км шлюзовым каналом. Крупнотоннажные суда обрабатываются также на внешнем рейде у острова Пуна, расположенного у входа в залив.
Длинна причального фронта более 2 км с глубинами до 13,8 м. Через Гуаякиль проходит почти весь импорт и половина экспортных морских грузов Эквадора. В порт ввозятся генеральные грузы, металл, машины, зерно; вывозятся — бананы (основная статья), какао, кофе и другие товары. Суммарный оборот морских грузоперевозок порта 2,4 млн. т. Судоремонтные предприятия, располагающие плавучим доком и мастерскими, обеспечивают ремонт судов и кораблей до фрегатов включительно.