Гуаякиль - военно-морская база и главный порт Эквадора. Порт Гуаякиль расположен на берегу реки Гуаяс, в 50 км от впадения её в залива Гуаякиль. Военно-морская база обеспечивает базирование кораблей национальных ВМС до фрегатов включительно. Основные сооружения порта Гуаякиль находятся на правом берегу реки и в бухте Эстеро-Саладо. Оба участка соединены 7-км шлюзовым каналом. Крупнотоннажные суда обрабатываются также на внешнем рейде у острова Пуна, расположенного у входа в залив.